河南城建学院2009年开始研究生联合培养工作，2018年获批河南省硕士学位授予立项建设单位，2021年获批河南省硕士学位授予重点立项建设单位，2022年成立研究生工作处，2024年学校获批硕士学位授予单位，同时研究生工作处并更名为研究生处。

研究生处设有研究生招生办公室、研究生管理科、研究生培养科、学科建设管理科等科室。主要负责学校研究生招生、就业、培养、思想政治教育、日常管理及联合培养工作；负责学位点申报、建设与评估工作；负责学校学科建设规划、重点学科建设等工作

目前，学校拥有土木水利、资源与环境、材料与化工等3个硕士专业学位类别。